El Instituto Nacional Galápagos en base a lo dispuesto en la Ley de Régimen Especial para la Conservación y Desarrollo Sustentable de la Provincia de Galápagos (LOREG), promulgada en Registro Oficial N. 278 del 18 de marzo de 1998, la misma que contiene en el Título II, disposiciones que restringen el derecho de migración interna, y de libre residencia en la Provincia, con sujeción a la Constitución Política del Estado que prescribe en su artículo 238 dicho tratamiento de excepción, esto como medida cautelar y de conservación del medio ambiente del Parque Nacional Galápagos y Reserva Marina de Galápagos.

Ha generado y puesto en ejecución el Sistema de Control de Tránsito de Galápagos en los aeropuertos de Quito, Guayaquil, Isabela, San Cristóbal y Baltra, conteniendo para su operación la Tarjeta de Control de Tránsito, documento indispensable para toda  persona que requiera ingresar a las Islas como turista o transeúnte; Según lo dispuesto en los artículos 29, 30 y 31 de la LOREG, los artículos 29,30,31 y 32 del Reglamento Especial de Calificación y Control de Residencia para la Provincia de Galápagos y la Resolución N. 022-CI-11-XII-2006 del Consejo del INGALA canalizada a través del Comité de Calificación y Control de Residencia.